Auditoinnin aikana varmistetaan soijan koko toimitusketju viljelijästä (F, Farmer) alkaen. Välissä voi olla myös usean viljelijän kanssa sopimuksen tehneitä keräilijöitä (AC, Agricultural Collectors) ja kaupallisia välittäjiä (T, Trader). Soija voi kulkea käyttöpaikkaansa (PP, Primary Processor) usean kansainvälisen sataman ja varastopisteen kautta joko bulkkitoimituksina tai suursäkeissä. Koko logistinen ketju on kuitenkin tärkeää kartoittaa riskien tunnistamiseksi ja eri toimijoiden vastuurajapintojen määrittelemiseksi. Soijaa voidaan käyttää erilaisiin sovelluksiin esimerkiksi rehuteollisuudessa ja elintarviketeollisuudessa (P, Processor) ja sertifiointiarvioinnissa käytettävien kriteereiden laajuus määräytyy tuotantoympäristön kompleksisuuden ja laajuuden mukaan.

Europe Soya sertifioidun yrityksen tulee sitoutua varmistamaan, että kaikkien Europe Soya -logoa kantavien tuotteiden (TM, Trademark User) valmistamista varten vastaanotettu soija täyttää Europe Soya -standardin vaatimukset. Riskinarviointia tuotteiden valmistamisessa tulee laajentaa koskemaan eri soijalaatujen käsittely ja tuotantolaitteiden pesut, koska tuotannon aikaiset ristikontaminaation mahdollisuudet eri soijalaatujen välillä on oltava hallinnassa. Myös kaikki soijaan liittyvät kuljetus- ja varastointijärjestelyt kuuluvat arvioinnin piiriin ja logistisessa ketjussa liikkuvista asiakirjoista tulee selvitä Europe Soya -ketjuun kuuluvat raaka-aineet ja tuotteet.